[서울=뉴스핌] 장현석 기자 = 마이크로소프트(MS)와 한국 세무당국 사이에서 벌어진 6300억원 규모의 법인세 반환 소송이 다시 재판을 받게 됐다.

대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS 및 MS라이센싱이 동수원세무서장을 상대로 제기한 경정거부처분취소 소송 상고심 선고기일을 열고 파기·환송 판결했다.

대법원 [사진=뉴스핌 DB]

대법은 우선 원심과 마찬가지로 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하지는 않는다고 봤다.

대법은 "국외에 등록됐을 뿐 국내에 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내 제조 판매에 사용된 경우 미국법인이 대가로 지급받은 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다"고 설명했다.

그러면서 "미국법인이 특허권을 국내에 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 지급받은 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다"고 덧붙였다.

다만 이 사건 사용료에는 특허권 이외에도 저작권과 기술 등 무형자산이 포함되는지 여부도 심리가 필요하다고 밝혔다.

대법은 "피고는 원심에서 이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등 사용 대가가 포함돼 있다고 주장하며 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 사유를 추가했다"며 "위 주장이 심리 대상이 아니라고 판단한 원심판결에는 법리를 오해한 잘못이 있다"고 지적했다.

또 대법은 MS가 MS라이센싱 관련 특허권 사용료 소득의 실질 귀속자로서 경정청구할 수 있는 원천징수대상자에 해당한다고 판단했다.

대법은 "원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세의 원칙에 따라 국내원천소득의 실질귀속자를 기준으로 해당 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다"며 "소득의 실질귀속자는 구 국세기본법에 따라 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다"고 말했다.

법원에 따르면 삼성전자는 지난 2011년 7월 MS와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업에 필요한 특허권 사용료(로열티)를 지급하는 내용의 계약을 체결했다.

이후 삼성은 2012~2015년 MS라이센싱 명의 계좌로 지급한 로열티가 국내원천소득에 해당한다고 판단했다. 이에 삼성전자는 한미조세협약 제14조 제1항에 따라 제한 세율 15%를 적용해 MS에 지급할 특허권 사용료 중 국내 세무당국에 낼 법인세를 원천징수해 동수원세무서에 납부했다.

삼성전자가 4년간 사용한 특허권 대가는 총 4조3582억원으로 이 가운데 법인세 원천징수액은 6537억원에 달했다.

그러자 MS 측은 2016년 동수원세무서에 "이 사건 특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용 대가는 국내원천소득이 아니다"면서 "원천징수 세액은 MS 측에 환급돼야 한다"며 경정청구를 체기했다.

경정청구란 과다 납부한 세액을 바로잡아달라고 요청하는 법률 행위다. MS 측은 법인세 원천징수액 6537억원 중 6344억원을 돌려줄 것을 요구했다.

반면 동수원세무서는 경정 거부 처분을 내렸다. 이에 불복한 MS는 2016년 10월 조세심판원에 심판청구를 냈고, 2017년 기각되자 법원에 소를 제기했다.

1·2심은 MS 측의 손을 들어줬다. 법원은 국내에 등록되지 않은 미국법인 소유 특허권이 국내 제조 및 판매에 사용돼 그 대가로 지급받은 소득은 한미 조세협약에 따라 국내원천소득 여부를 따져야 한다고 봤다.

원심 재판부는 "한미조세협약 해석상 미국법인 특허권이 국내에 등록되지 않은 경우 그와 관련해 지급받은 소득은 사용의 대가가 될 수 없다"고 판시했다. 이어 동수원세무서가 거부한 MS 측 경정청구액 6344억원 중 6337억원을 취소하라고 선고했다.

다만 MS라이센싱과 관련해선 "이 사건 특허권 및 사용료를 실질적으로 관리하는 주체가 MS라고 해도 MS라이센싱의 경정청구권 행사에 따른 환급 세액 귀속은 원고들 사이 내부적인 분배 문제"라며 "MS는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다"고 판단했다.

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